La Academia está regida por una Junta General, integrada por todos los Académicos Numerarios, que forman el Pleno de Académicos Numerarios, y por una Junta de Gobierno.

La Junta de Gobierno está constituida por un Presidente, un Vicepresidente, un Secretario General, un Censor, un Tesorero y un Bibliotecario, todos ellos designados entre los Académicos Numerarios. Todos los cargos son elegidos por la Junta General.

La duración del mandato de los cargos directivos es de seis años, renovándose cada tres años en su mitad.

Todos los cargos pueden ser reelegidos por un número indefinido de veces.

La Junta de Gobierno se reune siempre que sea expresamente convocada por el Secretario, por orden del Presidente. Se entiende constituida en cuanto a la validez de sus acuerdos, cuando asistan por lo menos la mitad más uno de sus componentes. Los acuerdos se toman por mayoría de votos presentes.

También puede reunirse la Junta cuando así lo decida el Presidente o lo soliciten tres de sus miembros.

Todos los cargos de la Junta de Gobierno son honoríficos y gratuitos.